Ngày 26 tháng 12 năm 2004, phần lớn nơi sinh sống của Phi Phi Don đã bị thảm họa sóng thần ở Ấn Độ Dương tàn phá. Ngôi làng chính của hòn đảo, Ton Sai (Banyan Tree, tiếng Thái: ต้นไทร ), được xây dựng trên một eo đất cát nằm giữa hai rặng núi đá vôi dài và cao của hòn đảo. Hai bên Ton Sai là những vịnh hình bán nguyệt với những bãi biển trải dài. Eo đất này cao hơn mực nước biển 2 mét (6,6 foot).

Ngay sau 10 giờ ngày 26 tháng 12, nước từ cả hai vịnh rút đi. Khi sóng thần ập đến, vào lúc 10:37, nó đã xảy ra từ cả hai vịnh và gặp nhau ở giữa eo đất. Sóng đổ vào Vịnh Ton Sai 3 mét (9,8 foot) . Sóng đổ vào Vịnh Loh Dalum 6,5 mét (21 foot) . Sức mạnh của đợt sóng lớn hơn từ Vịnh Loh Dalum đã đẩy sóng thần và cũng phá vỡ các khu vực trũng thấp trong núi đá vôi, đi từ Vịnh Laa Naa đến Vịnh Bakhao, và tại Laem Thong ( Làng Sea Gypsy ), nơi 11 người chết. Ngoài những vụ tàn phá này, phía đông của hòn đảo chỉ trải qua lũ lụt và dòng chảy mạnh. Một đài tưởng niệm sóng thần được xây dựng để tưởng niệm người đã khuất nhưng sau đó đã bị dỡ bỏ để xây khách sạn mới vào năm 2015.

Vào thời điểm xảy ra sóng thần, hòn đảo ước tính có khoảng 10.000 người sinh sống, bao gồm cả khách du lịch.